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聯(lián)合全世界閑置計(jì)算機(jī)來研究新冠病毒,斯坦福推出新項(xiàng)目

全世界閑置的計(jì)算機(jī)聯(lián)合起來!日前,由斯坦福大學(xué)潘德實(shí)驗(yàn)室(Pande Lab)主持的Folding@home分布式計(jì)算項(xiàng)目,正式向全世界發(fā)出邀請,尋找志愿者利用家里閑置的計(jì)算機(jī),幫助研究人員開發(fā)新型冠狀病毒的治療方法。

Folding@home(簡稱FAH)成立于2000年10月1日,是一個(gè)研究蛋白質(zhì)折疊、誤折、聚合及由此引起的相關(guān)疾病的分布式計(jì)算工程,也是當(dāng)前世界上最大的分布式計(jì)算計(jì)劃,曾在2007年獲吉尼斯世界紀(jì)錄。

FAH在其官網(wǎng)上表示,2019-nCoV是SARS冠狀病毒(SARS-CoV)的“近親”,并且以類似的方式起作用。對于兩種冠狀病毒,當(dāng)病毒表面的蛋白質(zhì)與肺細(xì)胞上的受體蛋白質(zhì)結(jié)合時(shí),肺部感染就發(fā)生了。這種病毒蛋白稱為刺突蛋白。由于蛋白質(zhì)不會(huì)停滯,會(huì)擺動(dòng),折疊和以多種形狀展開呈現(xiàn),所以我們不僅需要研究病毒刺突蛋白的一種形狀,還需要研究該蛋白擺動(dòng)、折疊成其他形狀的所有方式,以便更好地了解其與ACE2受體是如何相互作用的,從而可以開發(fā)出治療抗體。了解這些信息,需要我們對2019-nCoV峰值蛋白的結(jié)構(gòu)進(jìn)行建模。我們需要構(gòu)建可以實(shí)現(xiàn)此目標(biāo)的計(jì)算模型,但它需要大量的計(jì)算能力。

FAH希望能利用志愿者閑置的中央處理器來構(gòu)建計(jì)算能力。要參加新冠病毒項(xiàng)目,志愿者可以下載FAH軟件,將自己計(jì)算機(jī)資源將發(fā)送到Folding@home,一起幫助紀(jì)念斯隆·凱特琳癌癥中心的研究團(tuán)隊(duì)增進(jìn)對2019-nCoV病毒的了解,設(shè)計(jì)出新療法。

每部參與的電腦安裝了后臺(tái)運(yùn)行的客戶端程序后,在系統(tǒng)不忙碌時(shí),可以調(diào)用中央處理器運(yùn)行模擬工作。如今,世界上絕大部分的個(gè)人電腦,在一般的情況下都很少用盡本身的計(jì)算能力。Folding@home就是使用這些本來浪費(fèi)了的運(yùn)算力量。Folding@Home的客戶端會(huì)定時(shí)連接設(shè)于斯坦福大學(xué)的服務(wù)器去獲取“工作單元”(work units),即一種存有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)包,根據(jù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行計(jì)算。每個(gè)工作單元計(jì)算完成后,再傳回服務(wù)器。

值得一提的是,F(xiàn)AH曾經(jīng)使用閑置的Sony PlayStation 3s來幫助研究,而后者在處理FAH正在執(zhí)行的特定任務(wù)時(shí),其獨(dú)特的“ Core”處理器在當(dāng)時(shí)提供了比同類計(jì)算機(jī)更好的性能。不過索尼在2012年從PS3中刪除了該功能。

此前Folding@home研究的項(xiàng)目還包括阿茲海默癥、亨廷頓舞蹈癥、牛海綿狀腦?。ǒ偱2?、瘋牛病)、癌癥和囊胞性纖維癥。

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